Il Wii, ha una serie di IOS nella sua memoria, organizzati in "slot" da 1 a 254.

Ogni "slot" contiene una specifica versione di IOS.

IOS sta per "Input OS" e gestisce in modo trasparente al gioco, tutte le periferiche interne al Wii.

Per esempio, per gestire una tastiera USB, è necessario che l'IOS lo supporti. Quindi, Zelda, che è programmato per usare l'IOS9, non potrà mai gestire una tastiera USB.

Oppure Animal Crossing, che usa il microfono "Wii speak", installa l'IOS38 e usa quello. Qualsiasi gioco che usa un IOS inferiore al 38, non può interfacciarsi con il microfono di "Wii speak". Quindi, per esempio, il microfono di "Boogie", non è compatibile con il microfono di "Animal Crossing"...

Gli hacker hanno creato due versioni non ufficiali di IOS.

• IOS254, chiamato DVDx, basato su IOS36, realizzato dal Team Twiizers, che permette la lettura di dvd "normali", come dvd video e dvd dati. Questo IOS permette, per esempio, di leggere DVD video e DVD con divx con MPlayer
• IOS249, chiamato CIOS, Custom IOS, sempre basato su IOS36, realizzato da Waninkoko, che aggiunge funzionalità come:
  • caricamento di giochi masterizzati, senza modchip
  • caricamento di giochi da USB e SD
  • installazione di canali "non autorizzati"
  • supporto a schede SDHC